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SMART-seq2 服务

项目介绍

技术原理

SMART-seq(Switching mechanism at 5’ end of the RNAtranscript)是由美国和瑞典科学家于2012年共同开发的一种单细胞转录组测序技术,其能够检测mRNA 的全长,从而实现了转录本异构分析分析和 SNV 检测。2013年,Nature Methods 杂志上报道了 SMART-seq2,该技术是经 SMART-seq 改进的一种测序方法,也是目前最常用的单细胞转录组技术之一。
技术支持 电    话:021-57072069 021-57072177 021-570772097 E-mail:RNAseq@sangon.com RNAseq2@sangon.com
该技术通过设计 oligo(dT)VN Primer 作为逆转录引物,利用 MMLVRT 的模板转换活性,在 cDNA 的3’端添加一段接头序列,通过该接头序列进行反转录,生成 cDNA 第一条链。当逆转录酶到达mRNA 5’末端时,会连续在末端添加几个胞嘧啶(C)残基。然后添加 TSO 引物,退火后结合在第一条链的3’端与 poly(C) 突出杂交,合成第二条链。这样得到的 cDNA 经过 PCR 扩增,获得纳克级的 DNA,纯化后可用于测序。

技术特点

适用于低起始量

一个细胞起始(100个以内的少量细胞),适用于难以满足10x Genomics 等高通量平台起始细胞量要求的样本;

可检测 mRNA 全长

测序可覆盖全长 cDNA 序列,单个细胞检测基因数量多,可达上万个;可用于基因结构分析,比如可变剪切

图1 SMART-seq2原理

主要流程

订购流程

备注:
1、《高通量测序送样表_SMART-seq2送样表》可从下载专区获得
2、填写好的表格需发送至项目助理邮箱:rna_sample@sangon.com

项目流程

订购信息

项目名称 目录价 周期
SMART-seq2 - 40个工作日左右

客户提供

提供样品类型及运输条件。

样本要求
  ( 1 )物种:真核生物
  ( 2 )细胞:推荐1-100个单细胞
保存运输
细胞放入 SMART-seq2 试剂盒指定的裂解液中,-80°C 保存,干冰运输。

最终交付

交付信息

1.测序原始数据
2.实验结果类文件
3.分析报告及分析结果文件

分析结果示例

图1基因表达相关性 heatmap 图

图2表达相关性散点图

图3 差异基因 Heatmap 图

图4差异表达基因的 GO 功能分类统计图

图5差异表达基因 GO 富集气泡图