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10x 单细胞3’转录组测序服务

项目介绍

10x 单细胞3’转录组测序是指依托于10x Genomics公司单细胞分选平台(Chromium controller或X系列)在单细胞水平上对mRNA进行高通量测序和分析。因同一组织的细胞之间具有异质性,同一种细胞类型在表达上也存在异质性 , 加之传统的转录组测序的样本是由多细胞组成的,最后分析得出的结论只是基于所有细胞的平均水平,无法捕捉到细胞的多样性。而单细胞水平上的研究有助于探究细胞多样性和异质性,可同时获得细胞图谱及细胞转录图谱信息,对于深入理解细胞的分化、疾病的发生发展、细胞重编程及转分化等过程及相关的基因调控网络发挥着重要的作用。
技术支持
电话:
  • 021-57072059
  • 021-57072177
  • 021-57072097
E-MAIL
  • RNAseq@sangon.com
  • RNAseq2@sangon.com
10x Genomics Chromium controller和X系列平台基于Next GEM的微流控和 barcode 标记等技术,可实现真正意义上的单细胞分选和标记。该技术的核心是通过构建GEM体系来实现单个细胞的分离,通过该捕获平台最终生成的是一个个的油包水(也即是GEM),生成的GEM是含有细胞、酶、凝胶珠子的混合液。GEMs形成后细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量barcode序列。随后mRNA逆转录产生带有10x barcode和UMI信息的cDNA,构建匹配Illumina测序平台的标准文库。

主要流程

订购流程

备注:

1、《高通量测序送样表_10x 单细胞转录组测序》和《上门服务信息确认表_10x 单细胞转录组测序》可从下载专区获得

2、填写好的表格需发送至项目助理邮箱:rna_sample@sangon.com

项目流程

订购信息

项目名称
10x 单细胞3’转录组测序服务
目录价
26000元/样
周期
40个工作日

客户提供

提供样品类型及运输条件

1、细胞悬液

(1)样本要求:细胞数目≥10万个、细胞活率≥80%、浓度为700-1200 个细胞/ul、细胞直径<40 um、细胞间无黏连(成团率<5%)、细胞状态好、无Ca2+、 Mg2+和EDTA等逆转录抑制剂及非细胞的核酸分子。

(2)运输条件:

        A.4℃运输,细胞悬液需要在 30 分钟内送达生工生物单细胞测序组实验室。

        B.超过 30 分钟需进行细胞冻存,冻存方法:细胞数目≥10 万进行冻存(冻存液配制: 90%FBS+10%DMSO)冻存液重悬混匀,放入冻存管中,梯度降温盒保存。使用足量干冰运输。

        C.预约上门实验

2、新鲜组织样

(1)样本要求:0.3×0.3 cm(不超过0.5×0.5 cm)新鲜组织块,4-5块。

(2)运输条件:建议使用美天旎组织保存液中,2-8℃避光运输,取样后48小时内到达生工生物实验室。

3、血液样

(1)样本要求:EDTA抗凝的新鲜全血,>5 mL。

(2)运输条件:4℃运输,24小时内到达生工生物实验室;或收集PBMC后用足量干冰运输。

4、细胞系样

(1)样本要求:以贴壁细胞为例,一般选择生长良好的细胞系,以生长至 1/3-1/2瓶底壁为宜。

(2)运输条件:细胞系直接运输:去掉旧培养液,灌满新的培养液,使用不透气的盖子, 将培养瓶盖用封口膜封紧,放些缓冲介质避免培养瓶大幅度晃动,常温运输即可。

5、提供信息:纸质版样品信息表;无致病性证明。

最终交付

交付信息

1.测序原始数据

2.实验结果类文件

3.分析报告及分析结果文件

分析结果示例

1.细胞聚类UMAP图
图1. 细胞聚类UMAP图
(左图:图中每一个点代表一个细胞,相同样本来源细胞标记为相同的颜色;右图:图中每一个点代表一个细胞,相同颜色点来源于同一细胞类型)
2.细胞群Marker基因的山脊图
图2. 细胞群Marker基因的山脊图
(横轴为基因表达水平,纵轴为对应基因表达水平下各细胞类型中的细胞数量)
3.拟时序分析图
图3.拟时轨迹分析图
(图中每个点代表一个细胞,横纵坐标代表降维后的成分,具有相似细胞状态的细胞被聚到一起,不同颜色代表不同的分化状态)
4.细胞通讯分析图
图4.细胞通讯分析弦图(左)和网络图(右)