KBSeq结果说明
.fasta文件
:测序结果文件,fasta格式,可能一个样本会拼接出来多条序列,该多条序列可能来自同一质粒,当质粒中含有高GC、重复区、二级结构等导致不能拼接成一条成环的质粒;也可能是杂质序列,比如宿主污染、其它质粒污染等。序列编号为Contig_1、Contig_2依次编号。.pdf文件
:质粒圈图文件,当拼接出多条序列的时候只会做fasta文件中第一条序列图,图中包含酶切位点,基因注释信息等。若客户需要自行作图也可下载SnapGene,用该软件绘制圈图。..xlsx文件
:突变信息文件,当序列中没有突变,则该文件只有表头,没有具体信息。表头解释如下:INDEX | 序列编号,1表示Contig_1,2表示Contig_2 |
POS | 突变发生的位置 |
REF | 该位置测出来最多的碱基 |
ALT | 该位置存在的突变碱基 |
TYPE | 突变类型,SUB表示碱基替换,INS表示插入、DEL表示缺失 |
DP(read_depth) | 该位置的总测序深度,就是该位置测了多少次 |
AD(allele_depth) | 突变碱基测到的次数 |
AF(allele_frequency | 突变比例 |