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菌群解析

服务简介

生工主要开展的菌群分析业务有DGGE、ARDRA、ATCLA 和 RAPD /Rep-PCR / ISSR 等分子标记方面。实验DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,变性梯度凝胶电泳)主要应用于环境样品细菌、古细菌、真菌、真核微生物的多样性分析、动、植物体内外共生微生物的检测、食品微生物的检测、医学领域碱基突变的检测等。脉冲场凝胶电 泳 (P F G E , P u l s e d F i e l d G e l Electrophoresis)技术是 Schwartz 和Centor 在 1984 年发明的一种分离大分子DNA 的方法,通过电场方向不断交替变换及合适的脉冲时间分离大于 25 kb 的大片段 DNA 分子的凝胶电泳技术,已经成为细 菌 分 型 的“金 标 准”。 ARDRA(Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis,核糖体 DNA 扩增片段限制性内切酶分析),即用 PCR 方法扩增不同混菌样品的 16S rDNA 全序列或部分序列,选取一种切割片段数目适中的限制性内切酶进行酶切,并通过聚丙烯酰胺(或琼脂糖)凝胶电泳分析样品之间酶切图谱的多态性。 ATCLA TA 克隆建库分析(16S AT-clone Library Analysis), PCR 方法扩增混菌样总基因组DNA 的 16S rDNA 全序列或部分序列,用 TA 克隆方法建库,挑选阳性克隆再 PCR 扩增单克隆 16S rDNA全序列或部分序列,可初步判断混合菌群的菌种数量和各菌种的大致的百分比。RAPD/Rep-PCR/ISSR 等分子标记实验,RAPD/Rep-PCR 获得基因组DNA 指纹图,通过分析比较电泳条带,揭示基因组间的差异,该方法已广泛应用于细菌、真菌、支原体等微生物的分型研究。 Rep-PCR目前可自动化分型,并可建立各种细菌REP、 ERIC - PCR 分型标准数据库。

ISSR (inter-simple sequence repea t) 是Zietkeiwitcz 等于 1994 年发展起来的一种微卫星基础上的分子标记即在 SSR 序列的 3' 端或 5' 端加上 2~4 个随机核苷酸,在 PCR 反应中,锚定引物可引起特定位点退火,导致与锚定引物互补的间隔不太大的重复序列间DNA 片段进行PCR 扩增,与 RAPD 和 RFLP 相比, ISSR 揭示的多态性较高,可获得几倍于 RAPD 的信息量。目前,ISSR 标记已广泛应用于植物品种鉴定、遗传作图、基因定位、遗传多样性、进化及分子生态学研究中。

技术支持

电话:021-37772243
Email:service1@sangon.com

主要流程

DGGE

DNA样品的提取
GC引物PCR扩增
DGGE电泳
差异性条带切割回收
非GC引物PCR扩增
克隆测序
数据处理

PFGE

样本采集&分离鉴定
制备菌悬液
制备Seakem Gold琼脂糖凝胶溶液(56°C)
包埋琼脂糖凝胶块制备全染色体DNA & 消化酶切
电泳检测
数据处理

ARDRA

DNA样品的提取
16S或18S引物PCR扩增
PCR产物切割回收酶切
电泳检测
数据处理

ATCLA

DNA样品的提取
16S或18S引物PCR扩增
PCR产物切割回收酶切
测序
数据处理

RAPD/Rep-PCR/ISSR

DNA样品的提取
引物PCR筛选
有差异性引物正式PCR
电泳检测
数据处理

订购信息

服务项目 服务内容 周期
DGGE 混合菌DNA提取、PCR、DGGE、条带克隆测序等 6-8周
PFGE 提供包括金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、伤寒副伤寒沙门菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、痢疾志贺菌、小肠结肠炎耶尔森菌、单核细胞增多性李斯特菌、空肠弯曲菌、鲍曼不动杆菌等鉴定服务。 3-8周
ARDRA DNA提取、酶切预实验、正式实验 4-6周
ATCLA 混合菌DNA提取、PCR、克隆测序、数据处理
RAPD/Rep-PCR/ISSR(植物)等分子标记 DNA提取、PCR预实验、正式实验

客户提供

提供样品

混合菌体基因组DNA:总量>1 μg,浓度≥ 10 ng/μl,纯度OD260/OD280 ≥ 1.8。若样品需要纯化,请提供大于2 μg 的DNA,并在提供样品时进行说明。混合菌群中的革兰氏阳性菌壁厚不易提取,使用常规方法提取基因组DNA 可能会造成菌种丢失。请提供大于10 ml 的菌液(OD600>1.5)或离心收集后的菌体。若样品含有活性污泥等杂质,无法通过OD 值来判断菌液的浓度,请提供尽量多的样品。

提供信息

检测基因:DGGE/ARDRA/LARD 检测基因及检测区域;RAPD/Rep-PCR/ISSR实验选定引物。

交付

交付报告

实验报告,包括具体实验方法、步骤、PCR、酶切图等。

ATCLA 提供克隆测序彩色波形图、序列碱基图、与NCBI 或核糖体数据库比对结果及各菌百分比。

数据分析,包括NTSYS-pc 软件进行指纹聚类分析、进化树构建图等。