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【技术】基于Clustal Omega的多序列比对教程


Clustal Omega是欧洲生物信息研究所(EBI)开发的多序列比对排列工具,现已经完全取代了之前ClustalW的地位。使用该工具不仅能够对DNA或者蛋白质进行多序列比对,并且可以自动生成多种格式或构建进化树等。

网址如下:https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

 

序列比对教程

 

1. 打开该网页,选择正确的序列类型,将之前得到的txt文件中的Fasta序列全部复制、粘贴到序列框中(以5条序列为例)。

image.png

 

2. 参数设置推荐默认就好,点击Submit:

image.png

 

3. 经过一段时间等待,出现以下结果:

该结果将多个RNA按照同源序列重新进行排列,其中,共有序列下方以*表示,而非同源区域则以--隔开。

 

4. 定位共有序列的区域

这样,在比对结果中找到连续的*所对应的位置(一定要连续的),就是这几个转录变体的共有序列所在区域。

但是这种比对形式无法直接得到序列,可以将多行共有序列一一复制粘贴拼接在一起,也可以在任意一个转录变体中搜索共有序列的头和尾一小段,中间的就是共有序列。